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农业综合开发部门项目，是国家农业综合开发项目的重要组成部分。自部门项目实施以来，各级农口部门和财政部门，齐心协力，密切合作，一方面发挥部门的行业特点和技术优势，一方面发挥财政部门的资金管理优势，通过项目建设，对示范和服务地方农业综合开发项目、改善农业基础设施和农业生态环境、促进项目区良种良法推广、提高项目区科技含量、引导农业结构调整和增加农民收入等，都起到十分重要的促进作用。
一、严格界定部门项目重点扶持区域和范围
部门项目按照统筹规划、突出重点的原则，根据各类项目的特点，确定各自的重点扶持区域和范围，并符合部门行业发展规划，与国家农业综合开发总体规划相衔接。中型灌区节水配套改造项目，通过对灌溉面积5～30万亩的中型灌区灌排骨干工程进行配套完善和节水改造，重点为农业综合开发中低产田改造提供灌排骨干工程条件。水土保持、林业生态示范和土地复垦项目，分别通过治理水土流失，增加林草植被和防治土地荒漠化，复垦工矿废弃地，保护和改善生态环境。良种繁育项目，通过良种繁育体系建设，为粮棉油等大宗农产品生产提供优质种子。优势特色种养示范项目，重点扶持秸秆养畜和优势特色种养业良种繁育体系及生产示范基地建设。名优经济林花卉示范项目，重点扶持名特优新经济林和花卉品种引进、繁育和示范推广。
二、发挥部门行业特点和技术优势
部门项目的实施主体是农口各部门，涉及到农业、畜牧、水产、农机、水利、林业、国土等多个部门和行业。这些部门均有独特的行业特点，自中央部门到县乡管理、服务、推广站点，机构设置齐全，基层站点分布广泛，有利于项目实施和管理。这些部门有各自的技术优势，除管理人员外，专业技术力量雄厚，为顺利开展项目实施、确保项目按照实际需求设计、按照批复计划实施，提供了强有力的科技支撑。通过发挥部门的行业特点和技术优势，农业综合开发部门项目对农业综合开发项目区提高良种覆盖率、改善项目区灌排骨干工程条件、改善农业生态环境等，起到了显著作用。
三、财政部门加强资金监管
部门项目的实施主体是农口各部门，财政部门也有参与部门项目管理的责任和权利。一是财政部门要切实担负起落实配套资金和加强财务管理的责任。财政部门要将地方各级财政配套资金纳入本级财政预算，以确保配套资金的落实和及时、足额到位；对资金的使用和管理情况进行全过程监管，确保项目资金真正用在项目上，杜绝资金浪费和被挤占挪用；对到期应偿还的有偿资金要督促项目承建单位及时、足额归还。二是财政部门要认真履行参与部门项目选项、实施等环节的管理权力。财政部门要积极参与项目规划、项目可行性研究、项目申报审批、扩初设计（实施方案）编制、项目实施、竣工验收和运行管护诸环节，确保项目选项准确，布局合理，与项目区紧密结合，切实为项目区产前、产中、产后服务，并保证项目建成以后正常运行。财政部门在与农口部门联合行文报送部门项目申请报告、可行性研究报告、年度项目实施计划时，要严肃认真地行使好把关的权力。
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