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农业综合开发部门项目实施以来，注重发挥相关行业部门的技术优势，取得了显著成效。
一是通过加强农业基础设施建设，改善了农业生产基本条件，增强了项目区抗御自然灾害的能力。
以2006年为例（下同），通过中型灌区节水配套改造项目建设，新增和改善灌溉面积346.52万亩，新增供水能力8.08亿立方米，大大改善了项目区的农业生产基本条件，完善中低产田改造项目区灌排体系，增强了项目区抗御旱涝等自然灾害的能力。2006年重庆市遭遇历史罕见的旱灾，全市许多地方农业收成受到严重影响。但是农业综合开发支持改造的南川、潼南、万州、梁平四个中型灌区，累计提供抗旱用水11422万立方米，保障了26万亩农田灌溉和17万人、24万头大牲畜的饮用用水。水土保持项目建设通过坡改梯、沟建坝等工程措施的实施，有效改善农业生产条件，项目共进行坡改梯9.75万亩，种植水土保持林67.57万亩，经济林38.79万亩，建设小型水利水保工程2068.41万立方米。结合“蓄、引、排、灌”小型水保工程配套，增产效果更加显著。
二是通过优质良种生产，提高了项目区良种覆盖率。
通过良种繁育项目建设，新增原种生产能力497.35万公斤，草种生产能力58.76万公斤，种子加工能力10144.6万公斤，种子储备能力4126万公斤。项目不仅重点有效支持了粮食主产区的良种供应，而且进一步改善了科研单位的育种设施条件，新品种的繁育和推广速度加快，良种质量得到保证。其中草种项目的建设进一步满足了项目区种草养畜和牛羊肉、奶业发展对草种的需求，扩大了牧草种子生产、加工能力，提高了项目区良种覆盖率。
三是优化了产业结构，取得了显著的经济效益。
项目区经过有效治理，推动了农业结构调整和农业产业化发展，提高了农民收入。农业部组织实施的优势特色种养示范项目，使秸秆养畜示范区与肉牛、肉羊的产业带紧密结合，促进了区域化、专业化生产格局的形成，同时减少了秸秆焚烧现象，共氨化、微贮农作物秸秆575万吨，青贮农作物秸秆845万吨，牛出栏206万头，羊出栏1436万只，经济效益和生态效益十分显著。国家林业局实施的名优经济林和花卉项目，积极发展名优干鲜果品，深入挖掘有市场潜力的特色产品，花卉产业建设以现代化高效花卉基地建设为重点，发挥地域优势，实行规模化经营，项目共建设经济林基地23.14万亩，花卉基地0.78万亩，新增经济林产品3408.67万公斤，新增花卉3957.04万枝（盆），新增总产值14731.42万元。
四是增加了林草植被，改善了项目区生态环境。
国家林业局组织实施的林业生态示范项目，人工造林、种草75.5万亩，封山（沙）育林（草）53.88万亩，飞播造林5万亩，累计控制水土流失面积3805平方公里，新增有林面积75.5万亩，治理沙化土地面积25.1万亩。由于林草覆盖率的提高，项目区的退化或沙化草场、沙化土地得到了有效治理，生态环境显著改善。国土资源部实施的土地复垦项目，在项目实施前，土地高地不平，茅草丛生，尾矿、煤矸石堆积，粉尘飞扬，生态环境破坏和大气污染现象非常严重。通过平整土地、填充造地、营造林木，新增耕地1.2万亩，新增灌溉面积1.27万亩，项目区水土资源得到了合理利用。通过中型灌区节水配套改造项目建设，节约农业灌溉用水量8.11亿立方米。通过水土保持项目建设，减少土壤侵蚀量达到493.5万吨，提高项目区林草覆盖率12.15个百分点。极大地改善了项目区生态环境
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